COR - tijdlijn

Fase 2. Kandidaat selectie

• De belangrijkste stap van dit project is de staal selectie. In deze fase verifiëren wij de genealogische gegevens van de ingeschreven kandidaten. Hier is het van belang dat zij aan alle voorwaarden voldoen. Dat wil zeggen dat zij ouder zijn dan 18 jaar en dat er geen andere dicht verwante mannen (dichter dan 6 generaties) in hun familiestamboom aan dit onderzoek deelnemen. Daarnaast is het ook belangrijk voor dit onderzoek dat er minstens één andere naamgenoot ingeschreven is met dezelfde COR-familienaam. Dit is belangrijk om de genetische gegevens te kunnen vergelijken en de tijd naar hun gemeenschappelijke voorvader te identificeren. Hoe meer naamgenoten er deelnemen, hoe beter de periode van de familienaam oorsprong zal kunnen gereconstrueerd worden.
• Periode: December - Augustus 2022
  
  

Fase 3. DNA-kits verzenden naar de deelnemers

Fase 5. Stalen anonimiseren

• Ongeveer een week na aankomst van de wangslijmvliesstalen in ons labo, worden zij geanonimiseerd. Dit betekent dat elk staal een unieke code krijgt. Weetje: het unieke COR projectnummer is '18683'. Op dit projectnummer volgt het staalnummer. Zo heeft de eerste COR-kandidaat het unieke label '18683-001'. Enkel de coördinator van dit project (dr. Sofie Claerhout) heeft toegang tot de namen en genealogische gegevens van de kandidaten.
• Periode: Februari - September 2022
  
  

Fase 6. Stamboom uitbreiding

• Omdat nog niet alle COR mannen beschikken over een uitgebreide COR-stamboom, is het nodig om ook verder in de online archieven te duiken. Dit zal gebeuren met de hulp van twee enthousiaste jobstudenten. Samen met de hoofdonderzoekster dr. Sofie Claerhout, zullen zij de COR-stambomen uitbreiden en proberen een link te vinden met de grote Antwerpse COR* stamboomdatabank. Dit is in samenwerking met prof. Paul Puschmann en de Radboud groep voor Historische Demografie en Familiegeschiedenis in Nijmegen. Voor deze samenwerking gaat dr. Sofie Claerhout ook voor 3 maanden vanuit Nijmegen aan het project verder werken.
• Periode: Februari - December 2022
  
  

Fase 7. DNA-extractie en kwantificatie

• Voor de volgende fase in het onderzoek gaan we terug richting het labo. Dit om de gekregen wangslijmvliescellen op een gecontroleerde manier -letterlijk- open te breken. Waarom? Om het DNA van de kandidaat eruit te halen of te isoleren. Dit gebeurt met de SwabSolution TM Kit extractie methode. Daarna is de vraag hoeveel DNA er precies aanwezig is, dit noemen we de DNA kwantificatie-stap. Kwantificeren is nodig zodat we kunnen inschatten hoeveel we van het DNA-materiaal kunnen gebruiken in de volgende labo-stappen. Hoe dit exact gebeurt, schrijf ik in een volgende blogbericht - hou deze pagina zeker in de gaten!
• Periode: Maart - Oktober 2022
  
  

Fase 8. Y-chromosoom sequentie voorbereidingsanalyse

• Na DNA extractie, volgt de meest langdurige fase: het analyseren van alle Y-chromosomen op DNA sequentieniveau. De eerste stap hierin is om de stalen klaar te maken voor sequentie analyse, dit noemen we ook wel de 'library preparation'-stap. Hierbij gaan we met behulp van onze nieuwe CSYseq techniek maar liefst 202 Y-STR regio's en meer dan 15.000 Y-SNP regio's gaan knippen en kopiëren. Een beetje zoals de sneltoetsen ctrl+F (zoeken), crtl+X (knippen) en ctrl+C (kopiëren) op uw computer, maar dan nu in het labo. Ook hierover zal beeldmateriaal geüpload worden en een blogbericht over geschreven worden.
• Periode: Augustus 2022 - Januari 2023
  
  

Fase 9. Y-chromosoom kwaliteitscontrole

• De kwaliteit van de geknipte en gekopieerde regio's wordt gecontroleerd vooraleer we deze op de sequencer plaatsen. Waarom? Omdat we enkel hoog-kwaliteitsstalen willen analyseren. En aangezien één analyse maar liefst een kostprijs van €2300 heeft, willen we hier uiteraard alleen maar goede en kwaliteitsvol Y-chromosoom stalen inladen. Is de kwaliteit van een staal niet optimaal? Dan zullen we opnieuw DNA-extractie uitvoeren met andere en zwaardere condities om meer DNA uit de wangslijmvliescellen te kunnen isoleren.
• Periode: Januari - Maart 2023
  
  

Fase 10. Y-chromosoom DNA sequencing

• Wanneer we hoge kwaliteitsvolle Y-chromosoom stalen hebben kunnen klaarmaken, zullen ze overgebracht worden naar het toestel om te sequencen. Door onze nauwe samenwerking met AZ Groeninge, mag de hoofdonderzoeker (dr. Sofie Claerhout) gebruik maken van hun Illumina MiSeq toestel om deze stalen te kunnen runnen. Één run op zo'n MiSeq toestel kan het Y-chromosoom van 96 mannen tegelijk uitlezen. Één run duurt ongeveer 56 uur en brengt 56 Gb data. In theorie heeft één zo'n run als output 50 miljoen reads, waarbij een read gelijk is aan één uitgelezen stukje op het Y-chromosoom. Veel data dus.
• Periode: Maart - Juni 2023
  
  

Fase 11. Data analyse

• Na het runnen op de MiSeq, kunnen we de Y-chromosomen van alle kandidaten analyseren. Dit gebeurt met behulp van heel wat slimme programma's en in-huis gecreëerde hulpmiddelen. Het programma 'Yleaf' en onze eigen 'positions file' zal een gedetailleerde Y-SNP analyse uitvoeren. Hierdoor zullen we tot in het kleinste detail de Y-SNP subhaplogroep van elke deelnemer kunnen bepalen en hun biologische afkomst achterhalen. Daarnaast gebruiken we het programma 'FDSTools' en onze eigen 'CSYseq.analYser' om alle Y-STR plaatsen te bekijken en de herhalingen te tellen. Hierdoor krijgen we een uitgebreid Y-haplotype profiel om de familienaam groepen te kunnen clusteren op basis van familiale verwantschappen. Meer uitleg hierover volgt in een blogpost.
• Periode: Juni - December 2023
  
  

Fase 12. Persoonlijke resultaten bundelen en opsturen naar kandidaten

• In deze leuke fase krijgen de kandidaten na lang wachten hun gepersonaliseerde resultaten. Dit houdt in dat elke kandidaat alle gedetailleerde informatie krijgt die wij hebben kunnen verzamelen over zijn stamboom in vaderlijke lijn. Daarnaast zal ook het gedetailleerde Y-DNA profiel in de vorm van een certificaat worden opgestuurd. Hierbij zullen de resultaten van circa 200 Y-STRs en 15.000 Y-SNPs worden meegedeeld. Deze resultaten zullen ook uitgebreid uitgelegd worden in verschillende blogs, informatiebrieven en een gratis lezing gegeven door de hoofdonderzoeker dr. Sofie Claerhout. Datum en plaats van deze lezing zal aan de kandidaten worden meegegeven.
• Periode: December 2023 - Maart 2024
  
  

Fase 13. Data verwerking

• Voor de onderzoekers zit het er nog niet op. De data en resultaten van deze studie dienen namelijk nog allemaal verder verwerkt te worden. Dit om onze drie onderzoeksvragen te kunnen oplossen:
  

  
  

  1.    Hoe ontstaan familienamen in Vlaanderen?
  2.   Waarom hebben sommige families meer zonen dan dochters?
  3.   Hoe groot is de kans op succes bij DNA verwantschapsonderzoek in België en Nederland?
  
  
  Alle resultaten en publicaties worden ook in deze fase telkens meegedeeld aan de kandidaten per mail. Gedetailleerde blogberichten zullen worden opgemaakt zodat alle project-uitkomsten aan het brede publiek kunnen worden bekendgemaakt.

• Periode: Maart 2024 - September 2025